... сейчас обходиться без затрат: цех1 -> магазин2 -> цех1 (убытков не будет? или снимается какой-то процент?)

цех в магазин нельзя перепрофилировать.
Смена профиля магазина бесплатна.
Смена профиля завода либо требует, либо возвращает определенную сумму, в зависимости от себестоимости профилей.

А при продаже цеха в ГОС процент снимается?

снимается 20%

Всем спасибо.